Naruto Uzumaki è un ninja dodicenne del Villaggio della Foglia con il sogno di diventare Hokage, il ninja piú importante del villaggio. Naruto ha passato l'infanzia nell'emarginazione e durante uno scontro con Mizuki, un traditore, viene a scoprirne il motivo: dentro di lui é sigillato la Volpe, il piú forte dei nove cercoteri. Dopo aver sconfitto Mizuki, Naruto viene promosso a Genin all'Accademia ninja e viene integrato nel Team 7 composto, oltre a lui, da Kakashi Hatake, Sakura Haruno e Sasuke Uchiha. Dopo varie avventure assieme, Sasuke decide di diventare un ninja traditore per allenarsi da Orochimaru e diventare piú forte, cosí da poter uccidere suo fratello Itachi, che aveva sterminato il suo clan. Con la fuga di Sasuke si conclude la prima serie animata. Il nemico principale fino a questo momento é il ninja traditore Orochimaru.
La storia riprende dopo circa tre anni. Naruto torna al Villaggio della Foglia dopo un lungo allenamento con Jiraiya. La storia coinvolge altri nemici, ovvero l'Organizzazione Alba, dedita alla cattura ed all'imprigionamento di tutti i nove cercoteri, ognuno sigillato in un ninja. Dopo aver ucciso suo fratello, Sasuke viene convinto dal capo dell'Organizzazione ad unirsi a loro, dopo aver scoperto che la colpa dello sterminio del suo clan é del consiglio del Villaggio della Foglia, in cambio dell'aiuto dell'Organizzazione in seguito per distruggerlo. La storia continua quindi con Naruto che cerca di sfuggire all'Organizzazione e di redimere il suo migliore amico, considerato come un fratello per lui.