Sydney frequenta ancora il college ed è fidanzata con Danny, che le chiede di sposarlo. Sydney accetta, ma poi rivela a Danny di essere un agente segreto e, come conseguenza, questi viene ucciso dall?SD-6. Questo spinge Sydney a investigare e a scoprire che l?SD-6, capeggiata da Arvin Sloane, non fa parte della CIA, ma anzi è una branca dell?Alleanza dei Dodici, un?organizzazione terroristica nemica degli Stati Uniti. Sydney decide di offrirsi alla CIA come agente doppio-giochista. Questa proposta viene accettata e lei, con l?aiuto del padre Jack Bristow (agente doppio-giochista anche lui, con cui non ha mai avuto un vero rapporto) e del suo contatto alla CIA Michael Vaughn, si impegna a distruggere l?Alleanza?
